События фильма "Фронт в тылу врага" охватывают события, завершающие Великую отечественную войну - период с июля 1944 года по май 1945 года. Разведывательный отряд майора Млынского совместно с польскими и чехословацкими партизанами ведут борьбу с фашистскими оккупантами. К освободительному движению присоединяются немецкие антифашисты. Третий фильм из трилогии о подвигах советских разведчиков, снятый по мотивам документального романа Семена Цвигуна "Мы вернемся!".

1-я серия. Разведчика Николая Кузнецова забрасывают в оккупированный немцами город Ровно. Ему дают задание - держать связь с партизанами и сформировать разведотряд, работающий в немецком тылу.2-я серия.Партизаны получают из Центра информацию о том, что фашисты готовят переброску партии химического оружия в Ровно. Эта операция носит название "желтый горшок". Чтобы разузнать подробности этой операции, партизаны посылают в Ровно Николая Кузнецова. Одновременно гестаповцы засылают к партизанам шпиона, чтобы тот передал им координаты расположения партизанского отряда.3-я серия.Партизаны готовят покушение на фашистского генерала Коха. Для осуществления операции привлекают советского разведчика,...

Партизанский отряд получает приказ перебазироваться во Львов. Валя остается в Ровно - по замыслу, она должна эвакуироваться вместе с рейхскомиссариатом. Но ее ожидает провал. Тем временем партизанский отряд получает новый приказ - отойти в ближайший тыл Красной Армии. Кузнецов с боем вырывается из Львова и пытается пробраться к своим. Но его хватают украинские националисты...

Фильм рассказывает об одной из операций советской контрразведки "СМЕРШ", которая началась в 1944 и завершилась в 1947 году. Это было смертельное противостояние советской контрразведки и западных спецслужб, продолжавшееся и после разгрома фашистской Германии.

В спешке покидая Советский союз немецкие эсэсовцы оставляют списки своих тайных агентов, из числа завербованных советских граждан в небольшом приморском городе. Списки надежно спрятаны, но это не дает покоя тем, чьи имена все еще хранит бумага. Рано или поздно правда всплывет, поэтому бывший фашистский шпион Семен Пайгин, эмигрировавший за границу и ставший Сэмом Пейджем, решает вернуться и найти злополучные доказательства его предательства родины. Вместе с ним на поиски архива отправляются двое других агентов. Они осознают, что есть преступления без срока давности, ответственность за которые может настигнуть в любую минуту.