Когда-то Клиффорд МакБрайд (Томми Ли Джонс) отправился на Нептун с целью найти доказательства инопланетного разума и бесследно исчез. 20 лет спустя Рой МакБрайд (Брэд Питт) пускается к звездам, чтобы разыскать отца и узнать, почему эта миссия провалилась и какая тайна несет угрозу всей планете.

Новое дело в Бюро приносит... Шагин. Кажется, он влюбился в женщину, у которой пропала дочь, и просит Бюро помочь новой знакомой. В ходе расследования Бюро узнает о жизни пропавшей девочки то, чего не знала родная мать. В треугольнике отношений Шагин-Женя-Телегин намечается болезненный для всех участников перелом

Случайность наталкивает Шагина на новый след в поисках своего прошлого. Женя пытается найти выход из неловкой ситуации с Телегиным и Шагиным, но оказывается в тупике. Бюро сталкивается с преступником-мстителем, только на этот раз жертва еще жива - убийца подготовил медленную казнь

Убит Чарльз Уитакер, картограф компании, работающей на Пентагон. Между тем, Лисбон обедает с Освальдо Ардилесом, бывшим помощником прокурора, в бытность работы Лисбон в КБР, который думает, что его телефон прослушивается. Она отсылает его к Ван Пелт и Ригсби, которые занимаются цифровой безопасностью.

Джейн присоединяется к сообществу сепаратистов, чтобы узнать, каким образом прокурор США была найдена мертвой в Мексике, в то время как нет никаких данных том, что она пересекала границу. Ригсби и Ван Пелт пытаются убедить Лароша, чтобы он помог им узнать, кто преследует бывших членов КБР.

Джейн и Фишер расследуют убийство на нефтедобывающей станции. Ригсби и Ван Пельт вместе с ФБР пытаются узнать, кто ведет охоту на бывших агентов КБР.

Действия третьего фильма фантастической киноэпопеи происходят на открытых просторах необъятной Вселенной. После спешного бегства с логова чужих, космический корабль агента Рипли потерпел крушение на далекой планете: закрытой тюрьме для особо опасных преступников. На борту оказался зародыш межгалактического чудовища, что и стало причиной аварийной посадки. Инородный организм продолжает развиваться и заключенным в скором времени предстоит сразиться с кровожадным инопланетным монстром. "Чужой 3" стал одним из наиболее дорогих фильмов франшизы, обойдясь производителям, в общей сложности, в 50 миллионов долларов.