Действие фильма начинается 22 июня 1941 года - в самый злополучный день в истории СССР. Начавшаяся война перевернула жизни всех жителей огромной страны. Первыми под удар попали жители приграничного городка в Беларуси. Анна Корзун - заведующая аптекой, не испугалась прихода фашистских оккупантов в свой город. Смелая женщина установила связь с белорусскими партизанами, чтобы передавать им медикаменты и информацию о положении дел. Военная драма "Война под крышами" снята по мотивам одноименного романа белорусского писателя Алеся Адамовича.