В провинциальный приход приезжает новый настоятель отец Андрей, после того, как был убит местный священник отец Михаил. Преступление быстро замяли, поскольку город держит в страхе местный криминальный авторитет Агафонов. Настоятель Андрей решает навести порядок в городе путем повышения духовного образования местных жителей. Одного парнишку, местного хулигана Гришу, ему удалось переманить на сторону церкви. Когда же Агафонов приезжает к отцу Андрею с предложением отдать церковный склад под нужды криминала, настоятель категорически отказывает. Но Агафонов просто так не отступится от своего.

С появлением отца Андрея в провинциальном городе стало значительно спокойнее. Неформальный священник не только читает проповеди в храме, но и не прочь посидеть в местном баре с соседями, чтобы пообщаться в другой обстановке. Мирное течение жизни города нарушает прибытие чужака. К священнику приезжает знакомый из далекого прошлого Иван. Оказывается, когда-то настоятель состоял в криминальной группировке вместе с Иваном, но с тех пор Андрей многое изменил в своей жизни. Измениться хочет и Иван, поэтому приехал за помощью к своему старому другу. Криминальная драма "Настоятель 2" является продолжением одноименного фильма о священнике-борце со справедливостью.